全基因組預測目標基因的新方法及其應用

運用隱馬爾可夫模型, 利用Perl編程, 以幾種模式生物的蛋白質數據庫為基礎, 構建了目標基因的全基因組預測的新方法.該方法具有高通量, 準確度高且操作簡易等優點, 特別在多結構域蛋白家族預測上更顯優勢.應用該方法對幾種模式生物的全基因組PPR和TPR蛋白家族進行了預測, 其中粳稻日本晴中含有536個PPR蛋白、199個TPR蛋白;秈稻9311中含有519個PPR蛋白、177個TPR蛋白;擬南芥中含有735個PPR蛋白、292個TPR蛋白;紅藻中6個PPR蛋白、32個TPR蛋白;藍細菌以及古細菌中沒有PPR蛋白, 但藍細菌含有10個TPR蛋白, 古細菌有4個TPR蛋白, 并對所得結果進行了進一步生物信息學分析.

作 者： 張菁晶 馮晶 朱英國 李陽生 ZHANG Jing-Jing FENG Jing ZHU Ying-Guo LI Yang-Sheng   作者單位： 張菁晶,朱英國,李陽生,ZHANG Jing-Jing,ZHU Ying-Guo,LI Yang-Sheng(武漢大學生命科學院植物發育生物學教育部重點實驗室,武漢,430072)

馮晶,FENG Jing(武漢大學高科技研究與發展中心,武漢,430072) 

刊 名： 遺傳  ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING)  年，卷(期)： 2006 28(10)  分類號： Q3  關鍵詞： 基因預測   Perl   HMM   全基因組   PPR   TPR  

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