海芋凝集素cDNA的分子克隆及其性質(zhì)預(yù)測

用cDNA末端快速擴(kuò)增-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RACE-PCR)方法克隆了海芋(Alocasia macrorrhiza)凝集素的全長cDNA(GenBank檢索號DQ340864),并用多種生物信息學(xué)工具對其性質(zhì)進(jìn)行了預(yù)測.根據(jù)來源于天南星科其他植物的凝集素和類似蛋白的保守區(qū)的DNA序列,設(shè)計(jì)了幾個(gè)海芋凝集素基因aml特異引物(GSP).用RNeasy試劑盒從海芋塊莖中提取出總RNA,并以此為模板,用SMARTTM RACE cDNA擴(kuò)增試劑盒提供的經(jīng)特殊設(shè)計(jì)的通用引物以及不同的基因特異引物,分別獲得海芋凝集素5'-和3'-RACE-PCR擴(kuò)增片段.這些PCR產(chǎn)物經(jīng)0.8%瓊脂糖凝膠純化后,分別與T克隆載體pMD 18-T相連,篩選獲得陽性克隆并提取質(zhì)粒,經(jīng)雙酶切和特異引物的PCR驗(yàn)證無誤后,進(jìn)行序列分析.從5'-和3'-RACE-PCR測序結(jié)果拼接出全長海芋凝集素cDNA序列,并用新設(shè)計(jì)自5'-RACE-PCR 5'末端的引物GSP7進(jìn)行全長3'-RACE-PCR反應(yīng),獲得全長海芋凝集素cDNA克隆并再次測序驗(yàn)證.這一新克隆的海芋凝集素cDNA的長度為1124核苷酸,分析表明它是一個(gè)編碼270個(gè)氨基酸殘基的蛋白質(zhì),其等電點(diǎn)為pH 5.7,相對分子量為29.7 kD.同源性分析結(jié)果表明,海芋凝集素與其他來源于天南星科的甘露糖凝集素以及相似蛋白具有高度同源性.在海芋凝集素序列中發(fā)現(xiàn)了2個(gè)B型凝集素功能區(qū)域和3個(gè)甘露糖的結(jié)合位點(diǎn).綜合上述信息,認(rèn)為這一新克隆的海芋凝集素cDNA是一個(gè)編碼甘露糖識別凝集素的基因序列.

作 者： 朱亞然 王捷 黃炳球 侯學(xué)文 ZHU Ya-Ran WANG Jie HUANG Bing-Qiu HOU Xue-Wen   作者單位： 朱亞然,黃炳球,ZHU Ya-Ran,HUANG Bing-Qiu(華南農(nóng)業(yè)大學(xué),資源環(huán)境學(xué)院,廣州,510642)

王捷,WANG Jie(廣州軍區(qū)總醫(yī)院醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)科,廣州,510010)

侯學(xué)文,HOU Xue-Wen(華南農(nóng)業(yè)大學(xué),生命科學(xué)學(xué)院分子植物生理學(xué)研究室,廣州,510642) 

刊 名： 植物生理與分子生物學(xué)學(xué)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY  年，卷(期)： 2006 32(6)  分類號： Q94  關(guān)鍵詞： 海芋   凝集素   cDNA末端快速擴(kuò)增-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)   分子克隆   性質(zhì)預(yù)測   Alocasia macrorrhiza   lectin   RACE-PCR   molecular cloning   characteristic prediction  

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