Pathway Tools可視化分析水稻基因表達(dá)譜

后基因組時(shí)代的到來使基因轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)等高通量、多層次的生物研究手段廣泛應(yīng)用于植物科學(xué)研究,從海量數(shù)據(jù)中有效挖掘必要的生物信息成為當(dāng)今組學(xué)研究的瓶頸問題.RiceCyc(http://www.gramene.ors/pathway/)及其核心軟件Pathway Tools是水稻代謝途徑分析的有效工具.通過搜索TIGR(ht-tp://www.tigr.ors/tdb/e2k1/osal/)數(shù)據(jù)庫.用Pathway Tools軟件的omics viewer工具將耐鹽品種FL478和其不耐鹽親本IR29在鹽處理?xiàng)l件相對對照條件下的110個(gè)差異表達(dá)基因可視化展示在包含362條代謝途徑信息的RiceCyc細(xì)胞代謝圖上,從整體水平上分析了二者對鹽脅迫反應(yīng)的不同.結(jié)果表明,在相同的鹽脅迫條件下,FL478相對IR29反應(yīng)明顯較快,前者中被誘導(dǎo)的代謝途徑主要是能量循環(huán)過程如磷酸戊糖途徑、糖酵解和三羧酸循環(huán)(TCA循環(huán)),以及核糖的分解、碳水化合物的利用途徑;而后者中表達(dá)出現(xiàn)差異的基因主要涉及植物激素的生物合成,細(xì)胞結(jié)構(gòu)組分代謝及次級代謝等途徑;類黃酮合成途徑在IR29中被明顯誘導(dǎo)而在FL478中沒有變化.

作 者： 張曉婷 謝荔巖 林奇英 吳祖建 謝聯(lián)輝 ZHANG Xiao-ting XIE Li-yan LIN Qi-yiug WU Zu-jian XIE Lian-hui   作者單位： 張曉婷,ZHANG Xiao-ting(福建農(nóng)林大學(xué)植物病毒研究所,福建省植物病毒學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,福建,福州,350002;河南農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院,河南,鄭州,450002)

謝荔巖,林奇英,吳祖建,謝聯(lián)輝,XIE Li-yan,LIN Qi-yiug,WU Zu-jian,XIE Lian-hui(福建農(nóng)林大學(xué)植物病毒研究所,福建省植物病毒學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,福建,福州,350002) 

刊 名： 激光生物學(xué)報(bào)  ISTIC 英文刊名： ACTA LASER BIOLOGY SINICA  年，卷(期)： 2008 17(3)  分類號： Q786  關(guān)鍵詞： 水稻   基因表達(dá)譜   代謝途徑分析   RiceCye數(shù)據(jù)庫   Pathway Tools  

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