CVTree在454高通量測序分析菌群結構中的應用

目的 探究將基于短串頻度的CVTree方法用于反映菌群結構的16S rRNA基因的454高通量測序數據分析的可行性,為快速分析高通量菌群結構數據提供新的方法.方法 對一個四世同堂的中國家庭7名成員腸道菌群和不同基因型及飲食類型的小鼠腸道菌群用454高通量方法獲得16S rRNA基因的V3區的測序數據,用CVTree的方法進行菌群結構的比較分析.結果 通過選取合適的短串長度,CVTree的方法能準確檢測到各樣本間的聚類關系,其結果與之前文獻報道的基于Unifrac算法的結果相一致.結論 CVTree能快速、有效地處理16S rRNA基因的454高通量測序數據,實現對不同菌群結構相似性的比較分析.

作 者： 華蔚穎 徐昭 張夢暉 李旻 張晨虹 趙立平   作者單位： 華蔚穎,張夢暉,李旻,張晨虹,趙立平(上海交通大學生命科學技術學院,微生物分子生態與生態基因組學實驗室,上海,200240)

徐昭(復旦大學,理論生命研究中心,上海,200433) 

刊 名： 中國微生態學雜志  ISTIC 英文刊名： CHINESE JOURNAL OF MICROECOLOGY  年，卷(期)： 2010 22(4)  分類號： Q-31  關鍵詞： CVTree   454高通量測序   菌群結構  

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